Đời nhà Hồ, Mộ Đức có tên là huyện Khê Cẩm thuộc châu Nghĩa, một trong bốn châu của lộ Thăng Hoa (tức Quảng Nam, Quảng Ngãi ngày nay). Đời Lê, Mộ Đức có tên là huyện Mộ Hoa bao gồm rẻo đất từ nam sông Vệ đến hết đèo Bình Đê (giáp giới với tỉnh Bình Định ngày nay).

Đời Lê, huyện Mộ Hoa có 53 xã, thôn. Đến đời Nguyễn, năm Thiệu Trị thứ nhất (1841), vì kỵ huý, huyện Mộ Hoa phải đổi lại là Mộ Đức, tuy địa giới vẫn như trước, nhưng có đến 6 tổng với 175 xã thôn. Sáu tổng ở Mộ Đức là Quy Đức, Cảm Đức, Triêm Đức, Ca Đức, Lại Đức, Tri Đức.

Từ cuối thế kỷ XIX (dưới thời Pháp thuộc), các tổng, xã phía nam tách lập châu rồi huyện Đức Phổ, các xã phía bắc - tây bắc nhập vào huyện Nghĩa Hành.

Năm 1932, huyện Mộ Đức đổi là phủ Mộ Đức.

Sau năm 1945, huyện Mộ Đức mang tên là huyện Nguyễn Bá Loan (tên một chí sĩ yêu nước trong phong trào Cần vương, Duy tân), sau đó lấy lại tên cũ, các tổng được bãi bỏ, các xã cũ hợp lại thành xã mới lớn hơn và trực thuộc huyện.

Sau nhiều lần điều chỉnh, huyện Mộ Đức có 11 xã: Đức Nhuận, Đức Thắng, Đức Chánh, Đức Hiệp, Đức Minh, Đức Thạnh, Đức Tân, Đức Hòa, Đức Phú, Đức Phong, Đức Lân.

Trong thời kỳ chính quyền Sài Gòn kiểm soát, huyện Mộ Đức đổi tên là quận Mộ Đức, kể từ giữa 1958, đổi tên các xã và thành lập xã mới, vẫn giữ chữ "Đức" ở đầu: xã Đức Nhuận đổi là xã Đức Quang; xã Đức Thắng chia thành hai xã Đức Phụng và Đức Hải; xã Đức Chánh đổi là xã Đức Hoài; xã Đức Hiệp đổi là xã Đức Thọ; xã Đức Minh đổi là xã Đức Lương; xã Đức Thạnh đổi là xã Đức Phước; xã Đức Tân đổi là xã Đức Vinh; xã Đức Hòa đổi là xã Đức Thạch; xã Đức Phú đổi là xã Đức Sơn; xã Đức Phong đổi là xã Đức Thuận; xã Đức Lân đổi là xã Đức Mỹ.

Phía Mặt trận Dân tộc Giải phóng vẫn gọi theo tên xã có từ thời kháng chiến chống Pháp. Riêng xã Đức Hải do chính quyền Sài Gòn thành lập, từ ngày 11 tháng 3 năm 1966, đặt tên là xã Đức Lợi.

Sau năm 1975, huyện Mộ Đức có 12 xã: Đức Chánh, Đức Hiệp, Đức Hòa, Đức Lân, Đức Lợi, Đức Minh, Đức Nhuận, Đức Phong, Đức Phú, Đức Tân, Đức Thắng, Đức Thạnh. Huyện lỵ đặt tại xã Đức Tân.

Ngày 12 tháng 3 năm 1987, thành lập thị trấn Đồng Cát, thị trấn huyện lỵ huyện Mộ Đức trên cơ sở tách thôn 2 (trừ xóm Cây Gạo), thôn 4 (trừ xóm Chùa), thôn 5 và thôn 6 của xã Đức Tân.

Ngày 1 tháng 10 năm 1992, chuyển thôn 4 thuộc thị trấn Đồng Cát về lại xã Đức Tân quản lý (trừ sân vận động và 1,8 ha vùng Gò Giàng), đồng thời sáp nhập 17 ha đất ruộng phía đông bắc cầu Bà Trà, 214 ha đất màu vùng Đá Bàn phía tây kênh nam sông Vệ và diện tích vùng núi lớn (lấy ranh giới là đường phân thuỷ từ đỉnh Lỗ Tây xuống phía nam hồ Đá Bàn) thuộc xã Đức Tân vào thị trấn Đồng Cát và đổi tên thị trấn Đồng Cát thành thị trấn Mộ Đức.[1]

Huyện Mộ Đức có 1 thị trấn và 12 xã như hiện nay.